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鄭偉|向未來“折疊”
不夸張地說,沒有蛋白質(zhì),生命就無法存在。蛋白質(zhì)由20種標(biāo)準(zhǔn)氨基酸組合而成,它們通過不同的排列組合方式折疊成獨(dú)特的三維結(jié)構(gòu),并在細(xì)胞內(nèi)發(fā)揮特定的功能,從而支撐人體的基本生命活動(dòng)。這些蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)是如何形成的呢?過去幾十年,科學(xué)家一直致力于破解其中的折疊密碼。尤其當(dāng)以德米斯·哈薩和約翰·江珀為代表的深度思維(DeepMind)團(tuán)隊(duì)將人工智能技術(shù)應(yīng)用于解決蛋白質(zhì)折疊問題后,他們推出的阿爾法折疊(AlphaFold)算法驚艷亮相,AlphaFold2更是以近乎實(shí)驗(yàn)手段解析的精度實(shí)現(xiàn)對(duì)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的精準(zhǔn)預(yù)測(cè)。

▲鄭偉
“這是能獲得2024年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)的算法。”南開大學(xué)統(tǒng)計(jì)與數(shù)據(jù)科學(xué)學(xué)院教授鄭偉說。早在2020年,他就見證過AlphaFold2的一戰(zhàn)成名。那年,當(dāng)AlphaFold2在第十四屆世界蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)大賽(CASP14)人工組一舉奪魁時(shí),“隔壁”的自動(dòng)服務(wù)器組,美國(guó)密西根大學(xué)張陽(yáng)教授團(tuán)隊(duì)也榮登榜首。彼時(shí),鄭偉正在張陽(yáng)團(tuán)隊(duì)做博士后研究,是參賽算法的主要開發(fā)者之一。
“那年,AlphaFold2的算法精度出現(xiàn)了一個(gè)巨大的飛躍,給我們帶來極大的震撼,也讓蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)從一個(gè)相對(duì)小眾的研究領(lǐng)域變得越來越受重視。但它不是這個(gè)領(lǐng)域的終結(jié)者,相反,我們?nèi)杂性S多問題要解決?!编崅フf。自那之后,他在基于深度學(xué)習(xí)及統(tǒng)計(jì)能量函數(shù)的生物分子及其互作的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)研究上日益精進(jìn)。在他看來,蛋白質(zhì)折疊里蘊(yùn)藏著關(guān)于生命的奧秘,唯有不斷探索與創(chuàng)新,才能為人類健康與福祉貢獻(xiàn)力量。
探索“折疊”人生
南開大學(xué)是鄭偉的母校。
“高中時(shí)我特別喜歡數(shù)學(xué),也因?yàn)榫磁尻愂∩硐壬?,?duì)南開大學(xué)十分向往?!编崅フf。2007年,他考入南開大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院。根據(jù)專業(yè)培養(yǎng)范式,經(jīng)過兩年系統(tǒng)學(xué)習(xí)后將進(jìn)行學(xué)科方向細(xì)分,而鄭偉選擇了信息與計(jì)算方向。此前,時(shí)任信息與數(shù)據(jù)科學(xué)系系主任阮吉壽教授曾多次談到過生物信息學(xué)的相關(guān)進(jìn)展,鄭偉發(fā)現(xiàn),這是一門前沿交叉學(xué)科,可以將計(jì)算機(jī)、數(shù)學(xué)、生物、物理等多個(gè)方向融會(huì)貫通,挑戰(zhàn)性很強(qiáng),但也極具生命力。鄭偉并不畏難,高中階段他就是個(gè)理科高手,曾多次參加數(shù)學(xué)、物理、化學(xué)、生物競(jìng)賽,如果能在交叉融合間挖掘出新的“寶藏”,他樂在其中。
最早接觸蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)工具時(shí),鄭偉正在追隨胡剛教授攻讀碩士學(xué)位。“我當(dāng)時(shí)主要基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的一些計(jì)算問題展開研究?!庇?jì)算就需要工具,最初,鄭偉對(duì)統(tǒng)計(jì)工具、傳統(tǒng)算法、機(jī)器學(xué)習(xí)等進(jìn)行了廣泛涉獵,他也是在當(dāng)時(shí)讀到了張陽(yáng)教授所研發(fā)的基于穿線法的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法I-TASSER。這是一種綜合算法,比傳統(tǒng)單一算法的魯棒性和精度更高,能夠預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)并提供關(guān)于蛋白質(zhì)功能的預(yù)測(cè),經(jīng)過不斷迭代更新,逐漸成為主流算法之一。自從2006年起,張陽(yáng)團(tuán)隊(duì)的I-TASSER算法系列就連續(xù)在CASP自動(dòng)服務(wù)器組位居榜首,這也在鄭偉心中留下了深刻的烙印。
2014年,鄭偉碩士畢業(yè)后繼續(xù)在南開大學(xué)讀博,師從阮吉壽教授。第二年,團(tuán)隊(duì)引入一位青年教師楊建益?!皸罾蠋熢诘鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方向頗有建樹,與他合作,我算是介入了這一領(lǐng)域。在他的推薦下,我得以加入密西根大學(xué)張陽(yáng)教授團(tuán)隊(duì),開始系統(tǒng)學(xué)習(xí)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的基礎(chǔ)問題。”
“蛋白質(zhì)主要由20種氨基酸組成,通常由英文字母來表示,而氨基酸分子里也含有很多原子。因此,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問題可以概括為:輸入一個(gè)由這些字母組成的氨基酸字符串,使用計(jì)算算法去預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)序列中每個(gè)氨基酸中的每個(gè)原子的三維空間坐標(biāo)(x,y,z)?!编崅ソ榻B道。由于蛋白質(zhì)只有在折疊成特定的空間構(gòu)象后才能具備相應(yīng)的活性和生物學(xué)功能,因此結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)對(duì)于理解蛋白質(zhì)功能、揭示疾病機(jī)制及進(jìn)行藥物設(shè)計(jì)具有重要意義。傳統(tǒng)的結(jié)構(gòu)解析依賴于X射線晶體學(xué)、核磁共振等實(shí)驗(yàn)技術(shù),不僅耗時(shí)長(zhǎng)、成本高,還對(duì)實(shí)驗(yàn)條件要求苛刻。而隨著計(jì)算機(jī)信息技術(shù)的發(fā)展,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)進(jìn)入新的階段,讓高精度、快速、低成本預(yù)測(cè)成為可能。
經(jīng)過幾年學(xué)習(xí)后,當(dāng)鄭偉踏上CASP賽程時(shí),已經(jīng)是團(tuán)隊(duì)骨干成員了。在2018年舉行的CASP13中,他們將深度學(xué)習(xí)接觸圖預(yù)測(cè)引入“久經(jīng)沙場(chǎng)”的I-TASSER,從而開發(fā)出C-I-TASSER算法,拿到服務(wù)器組第一名;兩年后的CASP14中,他們?cè)诿商乜迥M中引入深度學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)的距離和氫鍵的約束,進(jìn)一步開發(fā)出D-I-TASSER,再次在服務(wù)器組奪魁。
“其實(shí),當(dāng)時(shí)還只是這兩項(xiàng)算法的初版?!编崅フf。話雖如此,他卻已經(jīng)折服于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)所呈現(xiàn)出的力量,尤其當(dāng)自己的一些工作可以成為新算法的基石,并在世界級(jí)比賽中拿到好成績(jī),他產(chǎn)生了強(qiáng)烈的成就感。但緊接著,新的挑戰(zhàn)來了。
2021年年底,鄭偉得知一個(gè)消息:張陽(yáng)教授即將離開密西根大學(xué),課題組也將隨之解散。霎時(shí)間,“何去何從”成了鄭偉不得不面對(duì)的問題。更重要的是,要如何參加第二年舉行的CASP15呢?鄭偉的壓力很大。
“CASP14對(duì)整個(gè)學(xué)術(shù)界影響非常大,AlphaFold2的橫空出世讓人欣喜,又有點(diǎn)頹廢。欣喜是因?yàn)榈鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)真的能把精度做這么高,而且有人成功了;頹廢是總有人懷疑會(huì)不會(huì)以后在這個(gè)領(lǐng)域就沒有什么可做的余地了?!编崅フf。在這種情況下,要應(yīng)對(duì)CASP15本來就是個(gè)巨大的挑戰(zhàn),鄭偉也為此做了很多準(zhǔn)備工作,可一旦課題組解散,他就不得不獨(dú)立參賽?!癈ASP比賽是這樣的,它會(huì)將新近通過實(shí)驗(yàn)確定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)不斷‘釋放’出來作為團(tuán)隊(duì)測(cè)試其結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法的對(duì)象,每次測(cè)試任務(wù)都要在規(guī)定時(shí)間內(nèi)完成,這個(gè)時(shí)間甚至可能只有3天。而整個(gè)賽程中,可能會(huì)‘刷’出幾十次任務(wù)?!?/p>
時(shí)間太緊張了,鄭偉沒有太多時(shí)間去猶豫。認(rèn)真考慮后,他與密西根大學(xué)莉迪亞·弗雷多利諾副教授達(dá)成一致意見,進(jìn)入她的實(shí)驗(yàn)室?!袄虻蟻喞蠋熍c張陽(yáng)老師有過不少的前期合作,對(duì)我的工作比較熟悉,很爽快地接納了我,并提供相應(yīng)的研究經(jīng)費(fèi)?!本瓦@樣,在莉迪亞副教授的支持下,鄭偉與妻子烏云其其格合力迎戰(zhàn)CASP15。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)非常繁瑣,要耗費(fèi)大量算力,兩個(gè)人輪班的狀態(tài)下,他們每天只有五六個(gè)小時(shí)的休息時(shí)間,而這種狀態(tài)持續(xù)了4個(gè)月?!霸诜?wù)器組,按照高精度全局距離檢驗(yàn)分值(GDT-HA)排名,我們又拿到了冠軍;而按照全局距離檢驗(yàn)—總合分值(GDT-TS)排名,楊建益老師團(tuán)隊(duì)排名更高?!编崅ソ榻B道。不僅如此,他在多結(jié)構(gòu)域蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和蛋白質(zhì)復(fù)合體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中也名列榜首。也是在這場(chǎng)比賽中,他發(fā)現(xiàn),AlphaFold2似乎也不再是不可逾越的大山了,這令他愈發(fā)堅(jiān)信蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)領(lǐng)域還有更多問題尚待發(fā)掘。他也帶著昂揚(yáng)的斗志走向了CASP16,這一次,他成了真正的帶隊(duì)者。
“當(dāng)預(yù)測(cè)精度在某些領(lǐng)域上難以精進(jìn),大家就會(huì)轉(zhuǎn)向其他新問題的研究?!编崅ケ硎荆贑ASP16中,他和團(tuán)隊(duì)參加了多個(gè)賽道,并針對(duì)不同賽道構(gòu)建了專門的算法來應(yīng)對(duì)比賽。其中,他們?cè)谏锓肿佣鄻?gòu)象預(yù)測(cè)、蛋白質(zhì)核酸復(fù)合物預(yù)測(cè)、復(fù)合物整體折疊精度估計(jì)等算法上排名第一。值得關(guān)注的是,CASP16開賽一周后,AlphaFold 3服務(wù)器上線,當(dāng)即有參賽團(tuán)隊(duì)開始嘗試用其代替自己的算法,而鄭偉團(tuán)隊(duì)是當(dāng)時(shí)預(yù)測(cè)排名榜上唯一沒有使用AlphaFold 3的隊(duì)伍。
“這也是我回國(guó)之前最后一次參加CASP。”鄭偉說。從張陽(yáng)教授離開密西根大學(xué),鄭偉就在考慮回國(guó)了,“但是找教職需要時(shí)間,我也有未完成的工作”。他與妻子都是從南開大學(xué)走出的學(xué)子,有著濃郁的母校情結(jié),尤其當(dāng)遠(yuǎn)在國(guó)內(nèi)的導(dǎo)師也詢問他要不要考慮回來時(shí),南開大學(xué)就成了他們的首選。就這樣,在經(jīng)過深度溝通與準(zhǔn)備后,2024年年底,他重新站在了南開大學(xué)的校園里。
共建理想團(tuán)隊(duì)
鄭偉所在的南開大學(xué)統(tǒng)計(jì)與數(shù)據(jù)科學(xué)學(xué)院(以下簡(jiǎn)稱“學(xué)院”),正式設(shè)立于2018年,以“學(xué)科立院、人才強(qiáng)院、交叉互融”為辦學(xué)理念。近年來,學(xué)院依托傳染病溯源預(yù)警與智能決策全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、天津市醫(yī)藥數(shù)據(jù)分析與統(tǒng)計(jì)研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,成立了生物醫(yī)學(xué)平臺(tái),致力于將統(tǒng)計(jì)和人工智能方法深入應(yīng)用到生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)分析中。整個(gè)平臺(tái)包括生物統(tǒng)計(jì)學(xué)、生物信息學(xué)、計(jì)算機(jī)視覺與影像分析等5個(gè)研究團(tuán)隊(duì),鄭偉就是生物信息學(xué)團(tuán)隊(duì)中的重要一員。他很欣喜地發(fā)現(xiàn),可以在這一平臺(tái)上與不同領(lǐng)域的研究者開展深度合作,并向生命科學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、藥物研發(fā)、公共衛(wèi)生等領(lǐng)域進(jìn)行應(yīng)用探索。

▲鄭偉(前排左一)團(tuán)隊(duì)合影
剛?cè)肼毑坏揭恢?,鄭偉就收到了參加藥物化學(xué)生物學(xué)全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室郭宇老師主持的學(xué)術(shù)沙龍的邀請(qǐng)。學(xué)術(shù)沙龍涵蓋了來自統(tǒng)計(jì)與數(shù)據(jù)科學(xué)學(xué)院、生命科學(xué)學(xué)院、醫(yī)學(xué)院、藥學(xué)院、化學(xué)學(xué)院的學(xué)者,可以通過講座、研討等形式交流?!拔覀兓ハ嗵接懺诳蒲兄杏龅降膯栴},期望能碰撞出熱烈的火花。”鄭偉很喜歡這種學(xué)科互融的氛圍,并在其中找到了不少志同道合的合作者,他認(rèn)為這樣的開端,對(duì)于他開展后續(xù)工作大有裨益。
“當(dāng)我以青年教師視角來看母校時(shí),感覺與學(xué)生時(shí)代有點(diǎn)不太一樣。但沒過多久,適應(yīng)了節(jié)奏之后,熟悉的感覺又回來了?!编崅ズ芟矚g這種親切感。出國(guó)這些年,他與南開大學(xué)之間的連接并未中斷。在他帶隊(duì)迎戰(zhàn)CASP16期間,南開大學(xué)也是他重要的合作團(tuán)隊(duì)之一,而他的碩士導(dǎo)師、數(shù)據(jù)科學(xué)系系主任胡剛也推薦了一些學(xué)生到他的團(tuán)隊(duì)中學(xué)習(xí)交流?!暗@種指導(dǎo)與系統(tǒng)培養(yǎng)學(xué)生并不相同,回來之后,一切都要從頭開始?!?/p>
作為一位新晉博導(dǎo),鄭偉入職時(shí)已經(jīng)錯(cuò)過了第一批博士生招生。到第二批招生啟動(dòng)時(shí),他的申請(qǐng)報(bào)告遞交后,第一時(shí)間就得到了研究生院及前沿交叉學(xué)科研究院的批復(fù)。對(duì)于獲得的支持,鄭偉很是感激。如此一來,加上在他名下聯(lián)合培養(yǎng)的碩士和博士生,他也初步形成了一個(gè)將近10人的團(tuán)隊(duì)。
“做科研有時(shí)候可能有點(diǎn)辛苦,有點(diǎn)枯燥,心態(tài)不好特別容易鉆牛角尖。真正熱愛科研,由衷地會(huì)因做科研而開心,才是長(zhǎng)久的動(dòng)力?!编崅ハM軌虼蛟煲粋€(gè)朝氣蓬勃的團(tuán)隊(duì),期望團(tuán)隊(duì)成員能夠樂觀積極、不受桎梏地去自由探索?!皩W(xué)術(shù)態(tài)度要嚴(yán)謹(jǐn),但學(xué)術(shù)風(fēng)氣盡量自由?!?/p>
暑假之前,除了定期去給本科生上課,鄭偉每周都要組織大組討論會(huì),針對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)相關(guān)進(jìn)度展開。此外,他還要處理合作對(duì)接事宜,并對(duì)學(xué)生進(jìn)行一對(duì)一指導(dǎo)。假期里,他反而有了更多時(shí)間去參加學(xué)術(shù)會(huì)議,也會(huì)根據(jù)情況帶學(xué)生前往交流。
鄭偉更強(qiáng)調(diào)“一起”,對(duì)這位年輕導(dǎo)師來說,他更習(xí)慣將自己定位為朋友和師兄,給予學(xué)生方向上的指引和建議,幫他們明確責(zé)任和意義,找到自己的目標(biāo),也和他們一起去看“外面的世界”。在他的理想中,這個(gè)團(tuán)隊(duì)具有團(tuán)結(jié)、務(wù)實(shí)、自由、協(xié)作的精神內(nèi)核。隨著科研計(jì)劃逐步鋪開,鄭偉也歡迎更多對(duì)生物信息學(xué)感興趣的成員加入,他們將共建這個(gè)理想的團(tuán)隊(duì)。
走向應(yīng)用落地
2025年5月,鄭偉以第一作者在《自然·生物技術(shù)》發(fā)表了重要研究成果。該研究開發(fā)了一種融合深度學(xué)習(xí)空間約束與統(tǒng)計(jì)能量函數(shù)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法——D-I-TASSER,實(shí)現(xiàn)了超越AlphaFold算法的高精度蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)。
“AlphaFold存在兩個(gè)主要的短板?!编崅フJ(rèn)為,一是對(duì)孤兒蛋白(同源序列較少的蛋白質(zhì))的預(yù)測(cè)效果仍不理想;二是難以處理由多個(gè)結(jié)構(gòu)域組成的復(fù)雜蛋白質(zhì)。D-I-TASSER正是為應(yīng)對(duì)這兩個(gè)難題而設(shè)計(jì)的。早在CASP15期間,它就展現(xiàn)出在復(fù)雜蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中的領(lǐng)先優(yōu)勢(shì)。在困難單結(jié)構(gòu)域蛋白預(yù)測(cè)問題中,D-I-TASSER在84%的案例中生成了比AlphaFold2質(zhì)量更高的結(jié)構(gòu)模型;在多結(jié)構(gòu)域蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問題中,D-I-TASSER的全鏈預(yù)測(cè)精度較AlphaFold2提升了近12.9%。不僅如此,當(dāng)D-I-TASSER對(duì)人類基因組的蛋白質(zhì)進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測(cè)(基因本體標(biāo)簽、酶分類和小分子結(jié)合位點(diǎn))后,結(jié)果顯示,它能夠成功預(yù)測(cè)80.5%的單結(jié)構(gòu)域和72.8%的全鏈蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),并準(zhǔn)確預(yù)測(cè)了其中3020個(gè)令A(yù)lphaFold2難以預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì),彰顯了其在彌補(bǔ)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)盲區(qū)的價(jià)值。

▲鄭偉(左三)帶領(lǐng)學(xué)生參加第三屆全國(guó)生物分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與模擬學(xué)術(shù)會(huì)議
沒有最好,只有更好?;貒?guó)后,鄭偉依舊要圍繞蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法進(jìn)行拓展研究。“蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問題其實(shí)還沒有完全解決,很多工作都要繼續(xù)開展,比如多結(jié)構(gòu)域蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),甚至更為復(fù)雜的生物分子動(dòng)態(tài)變化預(yù)測(cè)等,大多都處于起步階段。我希望能與相關(guān)學(xué)者共同努力,將國(guó)內(nèi)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)研究做大做強(qiáng)?!?/p>
鄭偉另一項(xiàng)想要大力推進(jìn)的工作則是落地應(yīng)用。這些年來,他所研發(fā)的系列算法已累計(jì)服務(wù)超過100個(gè)國(guó)家的近10萬名用戶。但他更想看到實(shí)實(shí)在在的技術(shù)轉(zhuǎn)化。以D-I-TASSER算法為例,它不僅能助力理解蛋白質(zhì)折疊與功能,也在抗體篩選與優(yōu)化、罕見病致病基因識(shí)別、病毒感染性預(yù)測(cè)、輔助冷凍電鏡結(jié)構(gòu)解析等任務(wù)中取得了初步進(jìn)展?!拔覀冏鲞@么多算法,最終是希望它們能服務(wù)于生命科學(xué)研究,并幫助企業(yè)去解決藥物研發(fā)過程中所遇到的問題。”
2025年年初,在國(guó)家自然科學(xué)基金數(shù)學(xué)天元基金項(xiàng)目交叉重點(diǎn)專項(xiàng)的支持下,鄭偉啟動(dòng)了“結(jié)合高維統(tǒng)計(jì)與人工智能的抗體類藥物篩選、優(yōu)化及脫靶研究”,針對(duì)可感染人的病原體,使用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)計(jì)算手段,加速中和抗體類藥物的研發(fā)進(jìn)度。與此同時(shí),在南開大學(xué)“百名青年學(xué)科帶頭人培養(yǎng)計(jì)劃”、傳染病溯源預(yù)警與智能決策全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的資助下,他所主持的“蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能的預(yù)測(cè)與應(yīng)用研究”和“基于新型人工智能及蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的X病毒早期發(fā)現(xiàn)預(yù)警”也在有條不紊地展開。
“這些項(xiàng)目之間存在一定的聯(lián)系。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)可以貫穿在傳染病防控及相關(guān)藥物研發(fā)的整個(gè)大流程中,我們想做的是利用蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)工具去探索新型疾病,一旦有傳染可能,就要及早布控、主動(dòng)防御,避免新疫情初期引發(fā)的被動(dòng)局面?!睂?duì)鄭偉而言,目前最大的痛點(diǎn)就是開展蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)面臨的海量算力缺口,他正在努力開展各方嘗試,希望能處理好這個(gè)棘手的問題,真正打開局面。而在這之余,他還要為明年可能舉行的CASP17做好籌備。
工作很忙,但一想到剛回國(guó)就能開展這樣的課題研究,鄭偉就很激動(dòng)?!八惴ㄩ_發(fā)時(shí)一般是用模擬數(shù)據(jù)來測(cè)試,真正到生物醫(yī)藥實(shí)踐中面臨的問題會(huì)更復(fù)雜,這些工作能讓我有機(jī)會(huì)去與相關(guān)研究機(jī)構(gòu)和藥企產(chǎn)生碰撞,從而探索如何在醫(yī)藥研發(fā)領(lǐng)域落實(shí)這些算法。這很重要?!痹谒壑?,那些大大小小的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中,折疊出的是通往健康中國(guó)的未來。
專家簡(jiǎn)介
鄭偉,南開大學(xué)統(tǒng)計(jì)與數(shù)據(jù)科學(xué)學(xué)院教授,傳染病溯源預(yù)警與智能決策全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室成員。入選國(guó)家級(jí)青年人才項(xiàng)目。擔(dān)任蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)文件存儲(chǔ)格式(ModelCIF)國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)制定委員會(huì)委員、《分子》雜志特約編輯,《自然·通訊》《自然·機(jī)器智能》《自然·計(jì)算科學(xué)》等期刊審稿人。長(zhǎng)期從事于基于深度學(xué)習(xí)及統(tǒng)計(jì)能量函數(shù)的生物分子及其互作的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)研究,開發(fā)的算法多次在國(guó)際蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)競(jìng)賽(CASP)名列前茅,已服務(wù)于100多個(gè)國(guó)家的近10萬名用戶。在《自然·生物技術(shù)》《自然·方法》《自然·通訊》《美國(guó)科學(xué)院院刊》等高水平科學(xué)引文索引(SCI)期刊發(fā)表文章50余篇,累計(jì)引用3800余次。主持國(guó)家自然科學(xué)基金-數(shù)學(xué)天元基金項(xiàng)目交叉重點(diǎn)專項(xiàng)等項(xiàng)目,入選南開大學(xué)“百名青年學(xué)科帶頭人培養(yǎng)計(jì)劃”。
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