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專訪|系統(tǒng)生物學開拓者胡德:八成阿爾茨海默早期患者可逆轉(zhuǎn)

澎湃新聞記者 賀梨萍
2018-11-07 06:59
來源:澎湃新聞
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如果將單個基因、一種蛋白質(zhì)視作“樹葉”, 萊諾伊?胡德 (Leroy Hood)希望構(gòu)建起一片“森林”,將人類復(fù)雜疾病置于完整的系統(tǒng)視野當中。

近日,胡德在浦江創(chuàng)新論壇期間接受了澎湃新聞(www.xinlihui.cn)專訪。這位現(xiàn)年已80歲的系統(tǒng)生物學開拓者,幾年前還保持著每天跑步3英里、做100個俯臥撐的習慣,如今仍活躍在科學一線。其于18年前自掏腰包共同創(chuàng)建的獨立研究所——系統(tǒng)生物學研究所(Institute for Systems Biology)目前已站在基礎(chǔ)和應(yīng)用遺傳學研究的最前沿,并致力于革新醫(yī)療方式。

胡德引領(lǐng)系統(tǒng)生物學之前,首先是一位優(yōu)秀的分子免疫學家。上世紀70年代到80年代,胡德是免疫學領(lǐng)域的領(lǐng)袖。并因在該項領(lǐng)域的杰出貢獻,獲得1987年拉斯克基礎(chǔ)醫(yī)學研究獎,該獎項被譽為“諾獎風向標”。

胡德還是“基因組時代的開拓者”。在最初任職于加州理工學院期間,為更好地理解免疫系統(tǒng)運作的原理,胡德及其同事開發(fā)了四種儀器:DNA基因測序儀、合成儀、蛋白質(zhì)合成儀和測序儀。在DNA和蛋白質(zhì)即意味著“未來”的彼時,胡德無疑為當代分子生物學奠定了技術(shù)基礎(chǔ)。

尤其是他發(fā)明的全世界首臺全自動DNA測序儀的原型,被認為“加速了整個生物技術(shù)領(lǐng)域的發(fā)展”。 這項研究以純介紹科學設(shè)備的形式罕見地發(fā)表在1986年的《自然》(Nature)雜志上。也正是借鑒了這款設(shè)備中的熒光技術(shù),Applied Biosystem公司(胡德參與創(chuàng)建)開發(fā)出了第一臺具有商業(yè)應(yīng)用價值的全自動DNA測序儀,它也是人類基因組計劃所采用的儀器。

“人類基因組計劃首次描繪了人類的基因圖譜,讓我們對人類遺傳學有一個詳盡的認識,了解基因變異和疾病的關(guān)系是理解人體健康的重要一部分。然而,基因不能解決的是,我們該如何理解生活方式和環(huán)境帶給健康的影響?!焙聦ε炫刃侣劚硎?。

胡德在接受澎湃新聞專訪當天的一場論壇講座上還給出幾個數(shù)據(jù):影響美國人群的健康因素中,遺傳占30%、環(huán)境和生活方式占60%,醫(yī)療體系貢獻10%。

基于此,胡德認為找到一條“整體性的綜合途徑”去理解生物復(fù)雜性至關(guān)重要?!跋到y(tǒng)生物學是一個整體,我們可以試著去理解它,而它帶來的貢獻則是提供關(guān)于疾病的關(guān)鍵的系統(tǒng)性全局觀,讓我們對疾病有更全面綜合的理解,它包含了解釋疾病的所有要素?!?/p>

不僅僅是基因、蛋白質(zhì),“這使得我們必須用很多其他的測量方法,包括血液、腸道微生物等。”胡德通過采集囊括基因組、表型組(生物的全部性狀特征)的龐大數(shù)據(jù),招募大量科學家、工程師、數(shù)學家共同參與,試圖破解人類全部的生命密碼。

人類健康的哈勃空間望遠鏡

什么是人類表型組?它包括外貌、體型特征、代謝物特征、蛋白質(zhì)組成、體液成分,甚至跑步速度、手臂力量等,被認為是基因組之外解開人類奧秘的另外半本“密碼”。

胡德這樣打比方,密集的表型組研究就像哈勃空間望遠鏡,能夠使科學家探討人類健康和疾病方面的暗物質(zhì)?!肮h鏡使我們能夠深入探討宇宙的暗物質(zhì),有了密集的表型組學研究之后,我們現(xiàn)在對于人類的健康也能夠做到這一點。”

密集的表型組學研究讓胡德的團隊建立了患者的個人數(shù)據(jù)云。個人的數(shù)據(jù)云又如何服務(wù)于患者?胡德用一項其2014年發(fā)起的一項健康項目來展示其操作。

2014年,胡德團隊說服了108個人參與一項試點的項目,探索科學健康或者量化健康的可能性。2017年7月,該項目成果文章發(fā)表在《自然-生物技術(shù)》(nature biotechnology),題為《A wellness study of 108 individuals using personal,dense,dynamic data clouds》(關(guān)于個性化的、密集的和動態(tài)數(shù)據(jù)云的108個人的健康研究),胡德為通訊作者。

研究團隊在9個月時間內(nèi)收集了108名參與者的個人資料,包括他們的全基因組序列,每3個月還采集一次代謝組、蛋白質(zhì)組和微生物組數(shù)據(jù)(測量643種代謝物和262種蛋白質(zhì)的血液、唾液、尿液和糞便樣本),以及他們的身體活動情況和睡眠監(jiān)控。

胡德等人用上述數(shù)據(jù)生成了一個網(wǎng)絡(luò),顯示生理和疾病的相關(guān)分析。通過分析整體的相關(guān)性,鑒定生物標志物。例如,γ-谷氨酰酪氨酸與用于心臟代謝疾病的臨床分析物緊密相連。

他們從127個形狀和疾病的全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)計算多基因評分,用它們來發(fā)現(xiàn)多基因風險的分子相關(guān)性,例如,腸炎的遺傳風險與血漿中的胱氨酸負相關(guān)。

研究結(jié)果表明,隨著時間的推移,通過改善參與者臨床生物標志物,個人數(shù)據(jù)云可以提高他們對健康和疾病的認識。

針對這項研究,胡德對澎湃新聞表示,“我們在短短9個月對108個人進行了研究,通過密集的數(shù)據(jù)云我們確實可以獲得信息,讓每個人都能獲得一系列可操作的可能性方案,從而逐漸提高他們的健康水平?!焙逻€強調(diào),“在Arivale公司目前4000名群體的相同研究中,我們看到了同樣的效果?!?/p>

受上述試驗項目的推動,胡德等三位創(chuàng)始人于2015年年中創(chuàng)立了Arivale,致力于個性化的健康管理,“它覆蓋了所有州,我們可以在全國范圍內(nèi)進行臨床試驗。”

胡德還將個性化的科學健康管理方案用在了自己身上。結(jié)合自己的基因組測序,調(diào)整生活和飲食方式后,幫助他的體重回到了他作為橄欖球運動員時的水平。

對待阿爾茨海默癥:要從“盒子”里跳出來

這種量化的、系統(tǒng)的科學健康觀,有科學家認為不如針對單個基因來得有效、精準,但也有觀點認為,這將會顛覆未來的醫(yī)療理念。

胡德認為,科學健康觀意味著三點。“第一,可以最優(yōu)化個體健康;第二,能看到健康向疾病轉(zhuǎn)變的過程,隨著技術(shù)的發(fā)展,未來還可以逆轉(zhuǎn)進程,從而避免很多慢性病;第三,能夠極大地節(jié)省醫(yī)療支出。”

至于如何節(jié)省醫(yī)療支出,胡德向澎湃新聞給出兩個例子。第一,它會使得試驗者只有50人的臨床試驗成為可能,而不是一定需要2萬人,這會為臨床試驗節(jié)省數(shù)十億美元。

“我們可以在最初的小試驗中,用密集表型組方法來鑒定出生物標志物,區(qū)分哪些人對藥物有反應(yīng),哪些人是沒有反應(yīng)的。而在傳統(tǒng)的臨床試驗中,大部分人對藥物是不敏感的。因此,如果臨床試驗中的50個試驗者都是對藥物有反應(yīng)敏感的,你會讓FDA(美國食品藥品監(jiān)督管理局)百分百批準藥物?!焙卤硎?。

第二個例子則關(guān)于世界性難題阿爾茨海默癥?!霸诿绹柎暮DY每年要耗費5000億美元,我們希望在5年內(nèi)將80%早期阿爾茨海默癥患者逆轉(zhuǎn)成正常狀態(tài),這部分也會節(jié)省數(shù)千億美元?!?/p>

“為什么阿爾茨海默癥在現(xiàn)階段不可逆,是因為都是在病情比較嚴重的時候才識別出來,但我們能夠在早期發(fā)現(xiàn),就可以把它逆轉(zhuǎn)出來?!焙卤硎?,在阿爾茲海默癥患者出現(xiàn)認知退化之前的4年-10年,他們就開始了轉(zhuǎn)變,“我們通過血液當中的生物標志物等來確定最早的轉(zhuǎn)化點在哪里?!?/p>

胡德強調(diào),“關(guān)鍵是從固有的一個盒子里跳出來思考,用之前沒有嘗試過的方法來對待阿爾茨海默癥,包括用我們這種比較經(jīng)典的系統(tǒng)思維,用數(shù)據(jù)云來獲得早期過渡轉(zhuǎn)變時期的標志物,也可以通過數(shù)據(jù)云探索未來能夠逆轉(zhuǎn)疾病的途徑。我們不過是用了大量前人沒有用過的方法。”

系統(tǒng)生物學研究所官網(wǎng)在今年2月曾發(fā)布一條新聞,研究所和其他幾個組織正在進行一項臨床試驗,測試健康指導(dǎo)如何影響早期阿爾茨海默氏癥患者的認知功能,并分析縱向、多組數(shù)據(jù),以探索認知功能隨時間的轉(zhuǎn)變。這項臨床試驗招募200名志愿者,進行為期2年的數(shù)據(jù)監(jiān)測。

胡德稱,“這些對阿爾茨海默癥患者的多組分析將對該病的發(fā)展和逆轉(zhuǎn)提供深入的見解?!?/p>

胡德總結(jié),這種健康科學觀,可以最大限度地保持個體健康,有效地預(yù)防生病。

醫(yī)生們剛剛開始理解什么是“科學健康”

80歲的胡德有志于革新醫(yī)療方式,但這條路從一開始就注定不是坦途。

20世紀的最后一年,1999年圣誕節(jié)之前兩周,胡德決定和當時的東家華盛頓大學分道揚鑣的時候,他首先去向比爾?蓋茨當面辭去了由后者資助的教授職位。

在此之前,蓋茨是他最大的支持者。8年前,蓋茨親自為胡德提供了1200萬美元,將它從加州理工學院吸引到了華盛頓大學,創(chuàng)立了跨學科的分子生物技術(shù)科學系,以期實現(xiàn)“大科學”愿景。胡德還獲得了“William H. Gates III(比爾?蓋茨全名)教授”的榮譽頭銜。

他當面向蓋茨陳述,公共機構(gòu)的官僚主義永遠不會有足夠的靈活性來實現(xiàn)他的多學科系統(tǒng)生物學目標。他一口氣說出了他對那些與他觀點不同的管理人員的一長串不滿。與此同時,他滔滔不絕地談?wù)撝到y(tǒng)生物學的機遇。

這位億萬富翁聽了將近20分鐘。當蓋茨問這個爭論是否可以通過其他方式解決時,胡德說他已經(jīng)努力了三年建立一個研究所。隨后,蓋茨直接切入了問題的核心,“你打算如何籌集資金?”胡德當時回答,“這就是我來這里的部分原因……”蓋茨的答案最后是令胡德失望的,“我從來沒有為我認為會失敗的任何事情提供過資金。”

胡德在2000年1月創(chuàng)立系統(tǒng)生物學研究所時,不得不從自己的個人積蓄中拿出了500萬美金。

18年過去了,胡德對澎湃新聞表示,“我認為還有很多挑戰(zhàn)需要面對,但這些都是可以做到的。”

胡德提到,以醫(yī)生來說,他們需要通過教育來接受科學健康,讓他們理解它、知道如何利用它。“我的研究所也正在設(shè)計類似的培訓項目,為醫(yī)療專業(yè)從業(yè)人員提供科學教康和P4(predictive、preventive、presonalized、participatory,即預(yù)測性、預(yù)防性、個體性、參與性)醫(yī)療學習。一旦他們理解了,我想他們會擁抱新的醫(yī)療方式。我在我工作的普羅維登斯醫(yī)療保健系統(tǒng)已經(jīng)進行了40多次講座,醫(yī)生們剛剛開始理解什么是科學健康,以及它將如何對健康產(chǎn)生影響?!?/p>

其他還有來自高層的障礙?!拔艺J為這還需要說服醫(yī)療系統(tǒng)的領(lǐng)導(dǎo)者們采用這種新的方法,他們必須同意。也包括政策制定者,這里會涉及到醫(yī)療費用如何支付等。我認為醫(yī)學院也很重要,醫(yī)生們需要去那里為將來的新醫(yī)學接受相應(yīng)的培訓?!焙卤硎?。

值得一提的是,談及由中國科學家倡議發(fā)起的“人類表型組”國際大科學計劃,胡德表示,“金力是這方面的杰出人才,他把各方面的人才聚集在了一起,他已經(jīng)站在了這個領(lǐng)域的前沿。并且這項計劃背后有政府的支持,這是非常關(guān)鍵的?!痹撚媱澇h發(fā)起人之一為中國科學院院士、復(fù)旦大學副校長金力。

一名熟知胡德的朋友曾說道,“想讓他退休的計劃只有一個,那就是他的死亡?!痹谠S多和他年紀相仿的科學家放慢腳步的時候,胡德還在以驚人的速度奔跑。那些與他密切合作的人說,他仍然像學生時一樣對科學充滿好奇和熱情。

胡德主要經(jīng)歷:

胡德于1938年10月生于美國蒙大拿州密蘇拉。從小喜歡數(shù)學和科學的胡德在高中時期已嶄露頭角,于1956年獲得素有美國高中生“小諾貝爾獎”之稱的“西屋科學天才獎”。

胡德在加州理工學院接受本科教育,他的教授包括著名物理學家、諾貝爾物理獎得主理查德?菲利普斯?費曼(Richard Phillips Feynman)、世界著名化學家、結(jié)構(gòu)生物學家萊納斯?卡爾?鮑林 (Linus Carl Pauling)等名人 。胡德于1964年獲得約翰霍普金斯醫(yī)學院的醫(yī)學博士學位。1968年在加工理工學院獲生物化學博士學位。

胡德的事業(yè)生涯始于加州理工學院。1992年,54歲的胡德轉(zhuǎn)到位于西雅圖的華盛頓大學創(chuàng)立跨學科的分子生物技術(shù)科學系,將生物學、數(shù)學、物理學、計算機科學跨界融合到一起。胡德是第一批將跨行業(yè)專家聚集起來的科學家之一。

就在此前一年,胡德受邀前往華盛頓大學做學術(shù)交流,在安排的三場演講中,比爾?蓋茨(Bill Gates) 都坐在前排聆聽,而此時,華盛頓大學正有意發(fā)展生物學。演講之后,華盛頓大學即邀請胡德加盟。比爾?蓋茨還為胡德提供了1200萬美元,用于新院系啟動。胡德還獲得了“William H. Gates III(比爾?蓋茨全名)教授”的榮譽頭銜。

不過,8年之后,即20世紀的最后一年,1999年圣誕節(jié)之前兩周,胡德親自向他彼時最大的支持者比爾?蓋茨辭職。不想受學校種種繁文縟節(jié)羈絆的胡德于2000年和另兩位志同道合的科學家在西雅圖共同創(chuàng)辦了系統(tǒng)生物學研究所,為此,胡德從自己的積蓄中拿出了500萬美金。

除拉斯克基礎(chǔ)醫(yī)學研究獎之外,胡德還于2002年獲被稱為日本“諾貝爾獎”之稱的京都獎 (Kyoto Prize);2003年獲美國麻省理工學院的重大發(fā)明獎——“勒梅爾森”獎 (Lemelson-MIT Prize for Invention and Innovation), 以表彰他為解開人類生物學之謎發(fā)明的四個生物學研究儀器。2013年榮獲美國政府為科學家授予的最高榮譽——美國國家科學獎?wù)隆?/p>

胡德為美國國家科學院院士、美國國家工程院院士、美國國家醫(yī)學院院士。除開創(chuàng)性研究之外,據(jù)系統(tǒng)生物學研究所官網(wǎng),截至目前,胡德還發(fā)表了750篇論文,獲得了36項專利。還創(chuàng)立或聯(lián)合創(chuàng)立了15家不同的生物技術(shù)公司,包括Amgen、Applied Biosystems、 Rosetta、Darwin、Integrated Diagnostics、Arivale等。
    責任編輯:李躍群
    校對:施鋆
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