原創(chuàng) 服老思和同學(xué)們 P話 收錄于話題#新冠1#疫情1#數(shù)據(jù)11

自 2020 年初新冠肺炎爆發(fā)，一年多過去，covid-19 依然影響著世界。2020 年疫情初期，我們整理部分疫情初期的數(shù)據(jù)項(xiàng)目[1]和基于 Tableau 設(shè)計(jì)的可視化作品[2]，2021 年初，我們再次整理有關(guān)新冠疫情可視化的套路集錦[3]。本次是疫情相關(guān)集錦的第四期，我們收集 27 個(gè)數(shù)據(jù)集，分為案例、疫苗、病毒、政策、輿情、醫(yī)療和其他 7 大類別，疫情改變了些什么？現(xiàn)在狀況如何？或許這些數(shù)據(jù)集會帶給你一些新的視角。

JHU數(shù)據(jù)集

JHU數(shù)據(jù)集是由約翰霍普金斯大學(xué)系統(tǒng)科學(xué)與工程中心 (JHU CSSE) 運(yùn)營的 2019 年新型冠狀病毒可視化儀表板的數(shù)據(jù)存儲庫。數(shù)據(jù)收集自各國政府和衛(wèi)生部官網(wǎng)。包含世界各地區(qū)的病例數(shù)和死亡數(shù)，可精確到省，美國地區(qū)已精確到縣級。數(shù)據(jù)格式為csv。可視化儀表板：JHU儀表盤[4]

鏈接：JHU數(shù)據(jù)集[5]

紐約時(shí)報(bào)數(shù)據(jù)集

紐約時(shí)報(bào)數(shù)據(jù)集發(fā)布的主要數(shù)據(jù)是自大流行開始以來美國每個(gè)縣和州報(bào)告的每日累計(jì)病例數(shù)和死亡數(shù)，還會發(fā)布監(jiān)獄、學(xué)校、死亡人數(shù)過多、口罩使用等數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)格式為csv?？梢暬貓D：紐約時(shí)報(bào)可視化地圖[6]

鏈接：紐約時(shí)報(bào)數(shù)據(jù)集[7]

ECDC 數(shù)據(jù)集（歐盟）

ECDC數(shù)據(jù)集包含歐洲經(jīng)濟(jì)區(qū)國家的病例和死亡人數(shù)數(shù)據(jù)，還包含病毒變異體數(shù)據(jù)，醫(yī)療系統(tǒng)承載力數(shù)據(jù)及應(yīng)對疫情的建議。有xls、csv、json、xml多鐘數(shù)據(jù)格式供下載?？梢暬刂罚篊OVID-19情況儀表板[8]

鏈接：ECDC 數(shù)據(jù)集（歐盟）[9]

疫苗數(shù)據(jù)

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Launch& Scale Speedometer

杜克全球健康創(chuàng)新中心之下的Launch & Scale Speedometer項(xiàng)目開發(fā)了一個(gè)數(shù)據(jù)框架，并對公開信息進(jìn)行案頭研究，追蹤全球新冠疫苗候選者和狀態(tài)、采購和制造訂單、正在進(jìn)行的談判、按國家劃分的新冠疫苗需求量，以及分配和分發(fā)計(jì)劃等數(shù)據(jù)。研究團(tuán)隊(duì)還對主要國家的政府官員進(jìn)行了訪談，從而更好地了解疫苗分配和分發(fā)的背景以及面臨的挑戰(zhàn)。該項(xiàng)目的數(shù)據(jù)已被《紐約時(shí)報(bào)》《華盛頓郵報(bào)》、彭博社等西方主流媒體引用。讀者在其網(wǎng)站上可以查閱交互圖并下載部分?jǐn)?shù)據(jù)。數(shù)據(jù)格式為xls。

鏈接：Launch& Scale Speedometer[10]

owid-vaccinations

由Our World in Data收集的全球 COVID-19 疫苗接種數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)收集自不同國家相關(guān)的官方網(wǎng)站。多次被BBC、紐約時(shí)報(bào)等媒體引用。數(shù)據(jù)格式為csv。nature地址：A global database of COVID-19 vaccinations[11]

鏈接：owid-vaccinations[12]

病毒數(shù)據(jù)

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Global.health數(shù)據(jù)集

Global.health數(shù)據(jù)集包含來自 100 多個(gè)國家/地區(qū)的超過3000 萬個(gè)匿名案例的詳細(xì)信息。包含支持其數(shù)據(jù)管理工作的服務(wù)器和腳本:Global.health開發(fā)[13]

鏈接：Global.health數(shù)據(jù)集[14]

CAS抗病毒候選化合物數(shù)據(jù)集

CAS抗病毒候選化合物數(shù)據(jù)集包含近 50，000 種化學(xué)物質(zhì)的連接表，以及相關(guān)元數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)集采用 SD 文件格式 (.sdf)，可用于研究，數(shù)據(jù)挖掘，機(jī)器學(xué)習(xí)和分析等。

鏈接：CAS抗病毒候選化合物數(shù)據(jù)集[15]

微軟開放研究數(shù)據(jù)集

微軟開放研究數(shù)據(jù)集把COVID-19 和冠狀病毒相關(guān)學(xué)術(shù)論文的全文和元數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)集針對機(jī)器閱讀進(jìn)行了優(yōu)化。目的是動員研究人員應(yīng)用自然語言處理的最新進(jìn)展來生成新的分析信息，以支持對抗這種傳染病。鏈接內(nèi)包含詳細(xì)的數(shù)據(jù)訪問方式，提供python代碼。

鏈接：微軟開放研究數(shù)據(jù)集[16]

TCIA數(shù)據(jù)集

癌癥成像計(jì)劃 (CIP)正在利用其癌癥成像檔案 (TCIA) 作為將圖像集公開以供社區(qū)立即參考 COVID-19 患者圖像。含有美國一百多位患者的多種成像數(shù)據(jù)、臨床數(shù)據(jù)及已被上傳到 Genbank 存儲庫的SARS-COV-2 cDNA 序列數(shù)據(jù)。圖像類型為DICOM(醫(yī)學(xué)圖像和相關(guān)信息的國際標(biāo)準(zhǔn))，注釋格式為json，臨床數(shù)據(jù)格式為csv。

鏈接：TCIA數(shù)據(jù)集[17]

EIBIR數(shù)據(jù)庫

EIBIR數(shù)據(jù)庫是由歐洲生物醫(yī)學(xué)成像研究所匯總的來自全世界各地超過1000例患者的成像數(shù)據(jù)及臨床數(shù)據(jù)，對于放射學(xué)診斷以及開發(fā)用于基于機(jī)器的診斷的人工智能工具至關(guān)重要。

鏈接：EIBIR數(shù)據(jù)庫[18]

covid-chestxray數(shù)據(jù)庫

該數(shù)據(jù)集包含COVID-19 或其他病毒性和細(xì)菌性肺炎（MERS、SARS和ARDS .）陽性或疑似患者的近1000張胸部 X 射線和 CT 圖像及臨床數(shù)據(jù)，收集旨在用于計(jì)算分析。使用這些圖像來開發(fā)基于人工智能的方法來預(yù)測和理解感染。開源預(yù)測模型平臺：Chester the AI Radiology Assistant[19]

鏈接：covid-chestxray-dataset[20]

NextStrain

NextStrain 是一個(gè)搜集全球病毒毒株的開源數(shù)據(jù)庫，目前擁有來自多個(gè)國家的400+個(gè)變種，公開在 GitHub 上。項(xiàng)目同時(shí)提供一個(gè)關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖的可視化工具，使用系統(tǒng)發(fā)生樹的方法，來研究病毒變異的過程和推斷首次爆發(fā)的時(shí)間。路透社也在 2020 年初的作品 Genetics of the new virus[21] 基于此數(shù)據(jù)繪制所有冠狀病毒關(guān)系譜系。

鏈接：NextStrain[22]

政策數(shù)據(jù)

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CoronaNet

CoronaNet收集有關(guān)政府為戰(zhàn)勝冠狀病毒而采取的各種精細(xì)行動的信息，這不僅包括收集有關(guān)哪些政府正在應(yīng)對冠狀病毒的信息，還包括他們的政策針對誰（例如其他國家）、他們是如何做的（例如旅行限制、禁止口罩出口）以及他們何時(shí)這樣做?？稍趦x表盤內(nèi)篩選區(qū)域進(jìn)行下載。數(shù)據(jù)格式為csv

鏈接：CoronaNet[23]

covid-policy-tracker

covid-policy-tracker， 是由牛津大學(xué)收集的數(shù)據(jù)集，收集有關(guān)哪些政府在何時(shí)采取了哪些措施的信息。這可以幫助決策者和公民以一致的方式了解政府的應(yīng)對措施，從而有助于抗擊大流行。系統(tǒng)地收集有關(guān)政府采取的幾種不同常見政策響應(yīng)的信息，按一定比例記錄這些政策以反映政府行動的程度，并將這些分?jǐn)?shù)匯總成一套政策指數(shù)，根據(jù)此數(shù)據(jù)集給政府提出的建議：When do government responses need to be increased or maintained?[24]

鏈接：covid-policy-tracker[25]

CCCSL

CCCSL( Complexity Science Hub COVID-19 Control Strategies List )總結(jié)關(guān)于政府對 COVID-19 的反應(yīng)的綜合結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)集，包括其實(shí)施的相應(yīng)時(shí)間表，數(shù)據(jù)來自官方政府資源、科學(xué)論文、公共衛(wèi)生機(jī)構(gòu)（WHO、CDC 和 ECDC）的網(wǎng)頁、社交媒體發(fā)布信息、報(bào)紙文章。數(shù)據(jù)格式有json、bib、csv、ris。提供用于探索數(shù)據(jù)集的R代碼。

鏈接：CCCSL[26]

HIT-COVID

HIT-COVID項(xiàng)目跟蹤政府為減緩 SARS-COV-2 在全球的傳播而采取的公共衛(wèi)生和社會措施的實(shí)施，由數(shù)百位志愿者收集自官方來源或非官方來演。對于每項(xiàng)干預(yù)，HIT-COVID 都會捕獲一組額外數(shù)據(jù)，包括是否需要干預(yù)以及政策適用的人群。數(shù)據(jù)格式為csv。

鏈接：HIT-COVID[27]

輿情數(shù)據(jù)

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ROPER

該數(shù)據(jù)集由康奈爾大學(xué)羅珀中心收集整理美國各個(gè)機(jī)構(gòu)如ABC，CNN的民意調(diào)查數(shù)據(jù)。包括個(gè)人行為、隔離、在家工作、準(zhǔn)備和政府評級。

鏈接：ROPER[28]

COVID-19 Public Monitor

數(shù)據(jù)由倫敦帝國理工學(xué)院和 YouGov(一家全球性的輿論組織)收集。旨在提供關(guān)于不同人群如何應(yīng)對大流行的行為分析，幫助公共衛(wèi)生機(jī)構(gòu)努力限制疾病的影響。數(shù)據(jù)包括：性別、年齡、地區(qū)（國內(nèi)）、家庭人數(shù)、家庭兒童、健康狀況、工作狀態(tài)和調(diào)查回復(fù)日期。還提供了一個(gè)基于年齡、性別和地區(qū)的加權(quán)變量，受訪者來自近五十多個(gè)國家，數(shù)據(jù)格式為csv?？梢暬瘍x表盤：coviddatahub.com[29]

鏈接:https://today.yougov.com/covid-19[30]

醫(yī)療數(shù)據(jù)

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healthdata

healthdata匯總美國醫(yī)院設(shè)施利用率數(shù)據(jù)。來自兩個(gè)主要來源：(1) HHS TeleTracking(美國衛(wèi)生及公共服務(wù)部[31])， (2) 衛(wèi)生部門代表其醫(yī)療機(jī)構(gòu)直接提供給 HHS Protect 的報(bào)告?？梢暬刂?Hospital Facilities[32]。數(shù)據(jù)格式有json和csv。

鏈接：healthdata[33]

Coronavirus (COVID-19) Testing

由Our World In Data收集的關(guān)于各個(gè)國家對國民COVID-19檢測的數(shù)據(jù)。用于研究哪個(gè)國家做的好，哪個(gè)國家漏報(bào)了病例。數(shù)據(jù)包括確診病例和死亡數(shù)住院和ICU數(shù)據(jù)，疫苗接種等。數(shù)據(jù)格式為xsl，csv，json。

鏈接：Coronavirus (COVID-19) Testing - Statistics and Research[34]

COVID-19 TREATMENT AND VACCINE TRACKER

該數(shù)據(jù)集跟蹤 COVID-19治療方法和疫苗的開發(fā)。包括治療方法300多種，疫苗200多種?？稍诰W(wǎng)頁查看，也可下載csv表格來研究其中的關(guān)系。

鏈接：COVID-19 TREATMENT AND VACCINE TRACKER[35]

其他/綜合

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Finding Health Statistics

JHU整理的有關(guān) COVID-19 的各種統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)。如全球知名數(shù)據(jù)集JHU數(shù)據(jù)集[36]

鏈接：Finding Health Statistics[37]

PHSM

全球知名有關(guān)疫情數(shù)據(jù)集的集合。提供用于數(shù)據(jù)獲取的API。

鏈接：PHSM[38]

美國國立衛(wèi)生研究院數(shù)據(jù)集

關(guān)病毒特征數(shù)據(jù)集的集合

鏈接：美國國立衛(wèi)生研究院數(shù)據(jù)集[39]

Our World in Data

整合很多知名數(shù)據(jù)集，涵蓋世界大部分國家/地區(qū)，有多鐘數(shù)據(jù)格式。以數(shù)據(jù)看世界(OurWorldinData)是由英國牛津大學(xué)的Leszell創(chuàng)建的網(wǎng)站，他致力于研究幾十年來各國關(guān)于人類生活水平的數(shù)據(jù)，以揭示全世界的生活狀況是如何潛移默化地發(fā)生變化的，并對未來產(chǎn)生了什么影響。

鏈接：Our World in Data[40]

GoogleCloudPlatform

谷歌云平臺，包含跟蹤 90 多個(gè)國家/地區(qū)人口統(tǒng)計(jì)、經(jīng)濟(jì)、流行病學(xué)、地理、健康、住院、流動性、政府響應(yīng)、天氣等數(shù)據(jù)。被許多組織使用，例如 WHO/Covax、世界銀行、國際貨幣基金組織、哈佛大學(xué)研究中心、美國國際開發(fā)署和 Verily，可以免費(fèi)使用 BigQuery直接運(yùn)行 SQL 查詢。

鏈接：GoogleCloudPlatform[41]

CREDIT

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?撰文：@花季

?編輯：@服老思 @包小包

? 背景圖：Shutterstock

?排版：bee

REFERENCE

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?[1] 疫情初期的數(shù)據(jù)項(xiàng)目: https://mp.weixin.qq.com/s/Diurg0rEmF8gLOm7FeO7Yw

?[2] 基于 Tableau 設(shè)計(jì)的可視化作品: https://mp.weixin.qq.com/s/Dpr8BSkh-M_6--fGQ-mR2Q

?[3] 新冠疫情可視化的套路集錦: https://mp.weixin.qq.com/s/ZvH2WOuoT6QexJK6j316fg

?[4] JHU儀表盤: https://www.arcgis.com/apps/dashboards/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6

?[5] JHU數(shù)據(jù)集: https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19

?[6] 紐約時(shí)報(bào)可視化地圖: https://www.nytimes.com/interactive/2021/us/covid-cases.html

?[7] 紐約時(shí)報(bào)數(shù)據(jù)集: https://github.com/nytimes/covid-19-data

?[8] COVID-19情況儀表板: https://qap.ecdc.europa.eu/public/extensions/COVID-19/COVID-19.html%23global-overview-tab

?[9] ECDC 數(shù)據(jù)集（歐盟）: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/data

?[10] Launch& Scale Speedometer: https://launchandscalefaster.org/COVID-19

?[11] A global database of COVID-19 vaccinations: https://www.nature.com/articles/s41562-021-01122-8

?[12] owid-vaccinations: https://www.nature.com/articles/s41562-021-01122-8

?[13] Global.health開發(fā): https://github.com/globaldothealth/list

?[14] Global.health數(shù)據(jù)集: https://global.health/

?[15] CAS抗病毒候選化合物數(shù)據(jù)集: https://www.cas.org/covid-19-antiviral-compounds-dataset

?[16] 微軟開放研究數(shù)據(jù)集: https://azure.microsoft.com/ja-jp/services/open-datasets/catalog/covid-19-open-research/

?[17] TCIA數(shù)據(jù)集: https://wiki.cancerimagingarchive.net/display/Public/COVID-19

?[18] EIBIR數(shù)據(jù)庫: https://www.eibir.org/covid-19-imaging-datasets/

?[19] Chester the AI Radiology Assistant: https://mlmed.org/tools/xray/

?[20] covid-chestxray-dataset: https://github.com/ieee8023/covid-chestxray-dataset

?[21] Genetics of the new virus: https://graphics.reuters.com/CHINA-HEALTH-VIRUS-SCIENCE/0100B59Z39Q/index.html

?[22] NextStrain: https://github.com/nextstrain/ncov

?[23] CoronaNet: https://kubinec.shinyapps.io/coronanet/

?[24] When do government responses need to be increased or maintained?: https://www.bsg.ox.ac.uk/sites/default/files/2020-09/09-2020-Risk-of-Openness-Index-BSG-Research-Note.pdf

?[25] covid-policy-tracker: https://github.com/OxCGRT/covid-policy-tracker/tree/main

?[26] CCCSL: https://github.com/amel-github/covid19-interventionmeasures

?[27] HIT-COVID: https://github.com/HopkinsIDD/hit-covid

?[28] ROPER: https://ropercenter.cornell.edu/supporting-public-opinion-data-related-covid-19

?[29] coviddatahub.com: http://coviddatahub.com/

?[30] https://today.yougov.com/covid-19: https://today.yougov.com/covid-19

?[31] 美國衛(wèi)生及公共服務(wù)部: https://www.hhs.gov/

?[32] Hospital Facilities: https://covidtracking.com/data/hospital-facilities

?[33] healthdata: https://beta.healthdata.gov/Hospital/COVID-19-Reported-Patient-Impact-and-Hospital-Capa/anag-cw7u

?[34] Coronavirus (COVID-19) Testing - Statistics and Research: https://ourworldindata.org/coronavirus-testing

?[35] COVID-19 TREATMENT AND VACCINE TRACKER: https://covid-19tracker.milkeninstitute.org/

?[36] JHU數(shù)據(jù)集: https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19

?[37] Finding Health Statistics: https://browse.welch.jhmi.edu/health-statistics/Covid19

?[38] PHSM: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/phsm

?[39] 美國國立衛(wèi)生研究院數(shù)據(jù)集: https://datascience.nih.gov/covid-19-open-access-resources

?[40] Our World in Data: https://github.com/owid/covid-19-data/tree/master/public/data

?[41] GoogleCloudPlatform: https://github.com/GoogleCloudPlatform/covid-19-open-data

完

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控制感 | 好奇心 | 弱鏈接

原標(biāo)題：《新冠數(shù)據(jù)錦集》

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